Chaque bloc cellulaire comprenait un cabinet d’aisances doté d’une pompe à eau. Des tourelles adossées à l’édifice logeaient les conduits qui reliaient les cuvettes aux quatre fosses principales enfouies dans la cour arrière.

La partie supérieure de ces fosses était voûtée et percée d’une large ouverture subdivisée en autant de sections qu’elle recevait de conduits. Une grille aux lames rapprochées fermait vraisemblablement le conduit le plus près de l’édifice, qui était aussi le plus court, pour empêcher rats et souris de s’introduire dans la prison. Deux latrines secondaires, réservées aux débiteurs et aux geôliers, flanquaient l’entrée arrière. Leurs fosses étaient juxtaposées à celles des tourelles médianes.

Les fosses principales étaient de profondeur variable et, compte tenu du nombre de détenus, devaient être vidées fréquemment. Chacune était pourvue d’une porte permettant la vidange, mais ces ouvertures ont été abandonnées.

Une canalisation parcourue par une veine d’eau s’écoulant vers la basse-ville contribuait au nettoyage. Le fond de cette canalisation était constitué de dalles de grès ou creusé en V à même le roc. Le dessus était voûté, sauf entre les fosses médianes où l’on avait ménagé un accès. D’autres conduits, provenant entre autres des cuisines et des bâtiments de la cour, se déversaient dans les fosses ou dans la canalisation.

La documentation historique établit l’inefficacité de cet équipement sanitaire. En 1861, un inspecteur mentionne que des odeurs insupportables émanent des latrines et que le bâtiment est malsain au suprême degré. Les ossements découverts attestent la présence de rongeurs et de chats sur les lieux.

Lors de la transformation de l’édifice en collège, les tourelles des latrines seront démantelées et les fosses partiellement vidées, arasées et comblées avec les débris de la démolition.