Les travaux archéologiques dans la cour et devant la Maison des Jésuites ont permis de dégager des vestiges de la chapelle, du cimetière autochtone catholique, de la palissade en pieux de cèdre, de l’enceinte en pierre et d’habitations rattachées aux débuts de la période missionnaire sous le chemin du Foulon. Ils ont également permis de faire remonter la maison actuelle au début du 18^e siècle et de documenter son utilisation comme maison de ferme, résidence et bureau de marchands de bois. La collection archéologique se compose de plusieurs milliers d’objets. Le plan synthèse des zones fouillées et des vestiges fait état de l’intensité des recherches menées sur le site.

Les interventions sur le platon de Sillery ont mis au jour des vestiges d’activités de taille de la pierre durant la préhistoire et d’un cimetière autochtone contemporain de la mission. Certaines sépultures pourraient être plus anciennes.