Les interventions archéologiques ont mis au jour des vestiges :

• de la première église de Beauport et des premiers presbytères;
• de sépultures et de murets marquant les agrandissements successifs du cimetière;
• de certains bâtiments secondaires et aménagements de l’enclos paroissial.

Le premier presbytère a été agrandi à plusieurs reprises. L’édifice a notamment servi d’école, de chapelle des morts, de logement pour l’instituteur et le sacristain et de salle publique. La collection archéologique de l’église de La Nativité-de-Notre-Dame comprend plus de 10 000 artéfacts et écofacts; elle reflète le caractère religieux du site, mais témoigne surtout de la vie domestique.