De nombreuses interventions archéologiques ont été réalisées sur le site du collège des Jésuites entre 1878 et 2015. Elles ont été exécutées par le gouvernement du Québec, la Ville de Québec et des sociétés privées dans le cadre de la mise en place de réseaux souterrains. Des études paléoanthropologiques ont été effectuées sur les sépultures trouvées en 1992 et 1996.

Le rapport publié en 1878 par Narcisse-Henri-Édouard Faucher de Saint-Maurice (Québec, 1844 – Québec, 1897) figure parmi les premières observations archéologiques réalisées à Québec. Il avait été commandé par le premier ministre et commissaire des travaux publics de la province, Henri-Gustave Joly de Lotbinière (Épernay, 1829 – Québec, 1908).

Vidéo Des fouilles archéologiques à l’hôtel de ville : le collège des Jésuites